Vi sono sempre più prove che suggeriscono che i microrganismi intestinali e i loro prodotti metabolici possono influenzare gli ormoni intestinali, lo stato infiammatorio e la motilità intestinale. Inoltre la variazione della composizione microbica intestinale può influenzare spesa energetica, sazietà e assunzione di cibo, e ha il potenziale per influenzare aumento e perdita di peso. Esiste la possibilità di interazioni tra batteri intestinali o loro particolari prodotti con il sistema immunitario e la mucosa intestinali.
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